Das zentrale Organ der GEMA ist die jährlich stattfindende Mitgliederversammlung. Teilnahme- und entscheidungsberechtigt sind rund 4.000 ordentliche GEMA-Mitglieder, die sich hauptberuflich dem Musikschaffen widmen. Hinzu kommen 64 Delegierte, die von den derzeit rund 66.000 außerordentlichen und angeschlossenen GEMA-Mitgliedern bestimmt werden und deren Interessen einbringen. Die Mitgliederversammlung trifft Beschlüsse zu aktuellen Entscheidungen und zukünftigen Entwicklungen der GEMA. Sie legt darüber hinaus den Verteilungsplan für die Lizenzeinnahmen der Musikurheber und -verleger fest. Zu ihren Aufgaben zählt ebenso, aus ihren Reihen die Mitglieder des Aufsichtsrates der GEMA zu wählen.
Der Aufsichtsrat ist als Lenkungs- und Kontrollorgan der GEMA ausschließlich mit Mitgliedern aus den drei Berufsgruppen Komponisten, Textdichter und Verleger besetzt. Die GEMA-Satzung legt fest, dass sechs Komponisten, fünf Verleger und vier Textdichter den Aufsichtsrat bilden. Jede Berufsgruppe benennt zudem zwei Stellvertreter. Der Aufsichtsrat begleitet die Arbeit des Vorstands und entscheidet über wesentliche Entwicklungen und Maßnahmen der GEMA-Geschäftspolitik.
Der Vorstand der GEMA verantwortet das operative Geschäft und damit die wirtschaftliche Entwicklung der GEMA. Er ist verpflichtet, dem Aufsichtsrat und der Mitgliederversammlung jährlich einen Transparenzbericht vorzulegen.
Verschiedene Ausschüsse treiben unter aktiver Beteiligung der Mitglieder und Gremienvertreter organisationsinterne Fragestellungen sowie juristische und marktorientierte Themen und Aktivitäten der GEMA voran.